Академия транспорта России, позже переименованная в Российскую Академию транспорта (РАТ) была создана 26 июня 1991 года. По организационно-правовой форме РАТ представляет собой общероссийскую общественную организацию, объединяющую ученых, специалистов и руководителей, внесших крупный вклад в науку и практику в области железнодорожного, автомобильного, авиационного, внутреннего водного, морского и трубопроводного транспорта, а также дорожного и транспортного строительства, в разработку систем, обслуживающих транспорт, организацию транспортного пространства, объединяющихся на основе общности интересов для содействия развитию единой транспортной системы России, всего комплекса наук о транспорте, как неотъемлемого атрибута современной цивилизации.

Сегодня Российская Академия транспорта насчитывает 966 действительных членов, среди которых доктора наук, доктора транспорта, представители коллективных членов. В Академии работают 42 иностранных делегата, 22 из которых представляют государства СНГ и 20 - страны дальнего зарубежья. Круг научных и практических транспортных проблем и вопросов на федеральном и региональном уровнях, которые решает РАТ, чрезвычайно широк. В частности, разработки ученых Российской Академии транспорта легли в основу утвержденной Правительством Транспортной стратегии Российской Федерации на период до 2030 года, проведены исследования и практические наработки по отдельным нормативно-правовым проблемам и обустройству международных транспортных коридоров, транзиту грузов через территорию Российской Федерации, развитию российских портов, логистическим транспортным проблемам и многим другим вопросам. Среди действительных членов Российской Академии транспорта имеется большой коллектив ученых и практиков, занятых разработкой новых образцов транспортной техники.

Высшим руководящим органом Академии является Собрание. Структура Академии строится по региональному принципу. В настоящее время в состав Академии входят 12 региональных отделений. Коллективное руководство Академией, административный центр которой находится в Санкт-Петербурге, осуществляет Президиум во главе с Президентом РАТ.

18 ноября 2008 года общим Собранием Академии на должность Президента Российской Академии транспорта избран доктор технических наук, лауреат Государственной премии Российской Федерации в области науки и техники Александр Сергеевич Мишарин.